Na verdade da pra mudar sim, dentro da pasta 'data' do MySQL, ele cria 2 arquivos: 'ib_logfile0' e 'ib_logfile1', basta apagar esses arquivos, pois eles são o cache de consultas SQL que foram feitas e dos indices, se reparar o tamanho de cada arquivo é do mesmo tamanho que foi setado em 'innodb_log_file_size', pode fazer sem preocupação que funciona!
Obs.: caso tenha receio em apagar, renomeie para _old os 2 arquivos e inicie o processo do MySQL e aguarde a mágica acontecer!
Obs2.: pode demorar um pouco mais para ligar o MySQL, pois quanto maior for o valor setado, ele vai criar os temp's dos indices!