É o seguinte as proteções normalmente ficam no java (o problema é que não são proteções 100%), então tanto faz a system que você usar. Oq acontece é que existe algumas system que possuem proteção, mas basta o player troca-la para burlar esse sistema. Então de certa forma não vale a pena se preocupar com isso, afinal mesmo que você use uma system com proteção, se algum player quiser burlar esse sistema, é só ele simplesmente troca a system.
OBS: Existem algumas proteções que utilizam autenticação client + java em que se o usuário trocar de system não conseguira logar e também existem algumas pagas que dizem funcionar independente da system. Isso acaba dificultando o uso de programas indesejados no servidor, mas acredito que no fim são todos burláveis.