Hoje em dia o que mais existe é biblioteca pra trabalhar com xml.
nem precisa fazer uma ferramenta em java.
você pode usar o php mesmo, é conectar na base mysql.
aqui uns exemplo de como começar a fazer o script ( coisa simples isso que você quer ) [Hidden Content]
o method simple_xml você transforma o xml em array , da um select nos dados que você alterou no banco de dados é monta um array novamente com os novos dados é depois transforma pra xml
$test_array = array (
'bla' => 'blub',
'foo' => 'bar',
'another_array' => array (
'stack' => 'overflow',
),
);
$xml = new SimpleXMLElement('<root/>');
array_walk_recursive($test_array, array ($xml, 'addChild'));
print $xml->asXML();
nesse exemplo simples. ele ta montado um novo xml pelo os valores do test_array
você só precisa pegar esses dados no banco de dados.
ainda tem outras função que você pode usar é apontar um dir com os xml do servidor é o script trabalhar neles...